RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)過(guò)程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點(diǎn)。RIP技術(shù)針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái)。之后，經(jīng)過(guò)分離純化就可以對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行測(cè)序、芯片等高通量分析。

上海伯豪將RIP技術(shù)結(jié)合新一代測(cè)序技術(shù)，推出了RIP-SEQ服務(wù)，將有助于廣大科研工作者更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

一、 RIP -SEQ實(shí)驗(yàn)基本原理：

• 用抗體或表位標(biāo)記物捕獲細(xì)胞核內(nèi)或細(xì)胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白。
• 防止非特異性的RNA的結(jié)合。
• 免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA一起分離出來(lái)。
• 結(jié)合的RNA序列通過(guò)高通量測(cè)序（RIP-Seq）方法來(lái)鑒定。

二、 上海伯豪RIP-SEQ數(shù)據(jù)分析服務(wù)內(nèi)容：

• 原始數(shù)據(jù)的QC、數(shù)據(jù)預(yù)處理
• RIP-seq 分析
  1) 將reads比對(duì)到基因組：將預(yù)處理reads與reference genome進(jìn)行mapping，最后得到mapping的sam結(jié)果文件，給出mapping結(jié)果統(tǒng)計(jì)。
  2) peak detect：應(yīng)用sam文件進(jìn)行peak富集區(qū)查找。
  3) motif detect：查找結(jié)合位點(diǎn)區(qū)結(jié)構(gòu)特性，尋找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的motif結(jié)構(gòu)。
  4) 基因關(guān)聯(lián)：應(yīng)用結(jié)合位點(diǎn)區(qū)位置，確定其周?chē)婕暗幕颉?br /> 5) 關(guān)聯(lián)基因GO差異分析：以參考基因組為背景集對(duì)結(jié)合位點(diǎn)關(guān)聯(lián)基因進(jìn)行GO富集分析。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國(guó)家工程研究中心根據(jù)國(guó)內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺(tái)、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團(tuán)隊(duì)等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)的專(zhuān)業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務(wù)平臺(tái)：生物樣品分析平臺(tái)、微陣列芯片平臺(tái)、新一代測(cè)序平臺(tái)、生物標(biāo)志物平臺(tái)、分子檢測(cè)平臺(tái)、生物信息平臺(tái)，憑借高標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)平臺(tái)和多樣化的服務(wù)等競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)，公司向國(guó)內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學(xué)研究全面解決方案。目前正在為多達(dá)18家跨國(guó)制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國(guó)制藥企業(yè)）和超過(guò)3000家的國(guó)內(nèi)科研機(jī)構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達(dá)譜、基因分型、比較基因組學(xué)、DNA甲基化、miRNA、生物標(biāo)志物篩選及確認(rèn)、生物信息等技術(shù)服務(wù)。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國(guó)的強(qiáng)大市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)隊(duì)伍和銷(xiāo)售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個(gè)大區(qū)十五個(gè)辦事處，推廣公司的主導(dǎo)技術(shù)服務(wù)、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴(kuò)大影響力。過(guò)去10年承接項(xiàng)目數(shù)超過(guò)10000個(gè)，用戶(hù)單位3000家以上，協(xié)助客戶(hù)發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計(jì)3000多分），全面推動(dòng)了中國(guó)基因組學(xué)服務(wù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)?；馁|(zhì)量控制體系，通過(guò)了ISO9001: 2008質(zhì)量技術(shù)體系的認(rèn)證，并參照GLP-L的標(biāo)準(zhǔn)，通過(guò)128個(gè)SOP文件對(duì)項(xiàng)目、樣品、實(shí)驗(yàn)過(guò)程、生物信息分析過(guò)程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進(jìn)行嚴(yán)格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶(hù)的數(shù)據(jù)真實(shí)性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺(tái)和高質(zhì)量的服務(wù)體系得到了廣大客戶(hù)認(rèn)可和合作伙伴的高度評(píng)價(jià)。公司平臺(tái)陸續(xù)獲得了國(guó)際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務(wù)中心認(rèn)證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應(yīng)商獎(jiǎng)（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國(guó)第一家認(rèn)證的服務(wù)提供商，是Agilent公司在國(guó)內(nèi)唯一認(rèn)證的服務(wù)提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應(yīng)商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務(wù)商”稱(chēng)號(hào)。

  
  

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