microRNAs(miRNAs)是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70—90個堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關(guān)。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導(dǎo)沉默復(fù)合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控蛋白表達（最新發(fā)現(xiàn)microRNA也能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達）。microRNA在物種進化中相當保守，在動物、植物和真菌等中發(fā)現(xiàn)的microRNAs表達均有嚴格的組織特異性和時序性。microRNA在細胞生長和發(fā)育過程中起多種作用，包括調(diào)控發(fā)育、分化、凋亡和增殖等。

上海伯豪生物技術(shù)有限公司作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業(yè)技術(shù)服務(wù)子公司，不斷強化生物芯片相關(guān)技術(shù)服務(wù)平臺建設(shè)，為國內(nèi)外客戶提供專業(yè)化解決方案。在miRNA芯片領(lǐng)域，經(jīng)過嚴格平行試驗優(yōu)選，先后建立起三大技術(shù)平臺：Agilent miRNA芯片平臺（針對動物miRNA，已經(jīng)進行了11812份樣品的miRNA芯片檢測服務(wù)），Affymetrix miRNA芯片平臺（覆蓋203個物種）以及ABI miRNA定量芯片平臺（定量原理），為客戶提供最具針對性的高端技術(shù)服務(wù)。

 

Agilent miRNA芯片服務(wù)

安捷倫科技有限公司（Agilent Technologies Inc.）作為國際領(lǐng)先的生物芯片制造企業(yè)，利用其先進的芯片生產(chǎn)工藝，開發(fā)出具有獨特設(shè)計的miRNA檢測芯片，能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區(qū)分高度同源的miRNA 分子。該平臺還具有特異性高、靈敏度高等特點?？梢詮V泛地應(yīng)用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達狀態(tài)，并通過分析其調(diào)控的靶基因來深入分析其調(diào)控機制或生物學(xué)功能。 

Agilent microRNA芯片探針設(shè)計圖

 

Agilent microRNA芯片技術(shù)特點
1. 唯一能通過特殊的探針設(shè)計區(qū)分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺；
2. 無需分離miRNA，直接用Total RNA 進行實驗，只需100ng的Total RNA 即可用來進行標記實驗（不包括質(zhì)檢所消耗的量），避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響；
3. 樣品適用范圍廣：組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗；
4. 高特異性：特殊的專利探針設(shè)計能區(qū)別一個堿基的差異；
5. 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，最高可達6個log，只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出；
6. 數(shù)據(jù)來源于miRBase 21.0版本，并方便及時更新；
7. 人、大鼠、小鼠之外的動物物種，可以方便的通過earray進行個性化定制。

相關(guān)技術(shù)文章：Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA
相關(guān)介紹視頻：MicroRNA研究的綜合解決方案

 

Agilent miRNA芯片服務(wù)推薦 

 

服務(wù)內(nèi)容：總RNA抽提、樣品質(zhì)檢、microRNA標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數(shù)據(jù)分析。

Agilent microRNA芯片相關(guān)技術(shù)文章 — FFPE材料的microRNA分析 
Zhang X, Chen J, Radcliffe T, Lebrun DP, Tron VA, Feilotter H. An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples. J Mol Diagn. 2008. 10(6):513-9.
使用芯片技術(shù)研究miRNA通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本。但是世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫中，絕大多數(shù)是使用福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，F(xiàn)FPE)的樣品。數(shù)量巨大的樣品蘊含著無限的科學(xué)研究的機會同時也是研究者們很棘手的研究對象。如何從這些樣品中獲取我們需要的生物信息呢？該文章中，Queen’s Cancer Research Institute 使用Agilent miRNA芯片對快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應(yīng)的FFPE樣本進行了研究。 
結(jié)論：檢測自FFPE樣本中抽取miRNA在技術(shù)上是可行的；Agilent miRNA芯片平臺的數(shù)據(jù)顯示出其在抽提、標記和雜交過程中的高度重復(fù)性。

Agilent microRNA芯片相關(guān)技術(shù)文章 — 血漿樣本進行microRNA分析
Wang K, Zhang S, Marzolf B, Troisch P, Brightman A, Hu Z, Hood LE, Galas DJ. Circulating microRNAs, potential biomarkers for drug-induced liver injury. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(11):4402-7.
該文章用血漿中獲得的特異性microRNA作為標志物，監(jiān)控Acetaminophen（對乙酰氨基酚,退熱凈）過量使用對肝臟造成的藥物性損傷。
結(jié)論：該方法的靈敏度要高于傳統(tǒng)的ALT（谷丙轉(zhuǎn)氨酶）指標。

miRNA芯片分析

1. 歸一化
microRNA芯片采用的歸一化的方法為quantile normalization，loess normalization。
2. 差異基因篩選
microRNA的差異篩選，同表達譜的篩選方法是一致的，參見表達譜的差異基因篩選。
3. miRNA靶基因預(yù)測
microRNA結(jié)合在靶基因的3’ UTR，下調(diào)靶基因．miRNA靶基因預(yù)測有多種方法．我們主要利用TargetScan數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)microRNA的靶基因。

對microRNA 進行靶基因預(yù)測的結(jié)果表格

4. miRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)圖
將顯著性功能與顯著性Pathway所包含的靶基因取交集后與microRNA構(gòu)建基因與microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（待確認），可以在全局的水平上直觀的反應(yīng)基因之間的相互關(guān)系，同時反映了基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定性。根據(jù)網(wǎng)絡(luò)中microRNA的位置函數(shù)計算出microRNA在網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)系強度，即microRNA的網(wǎng)絡(luò)特征值。特征值最高microRNA處于網(wǎng)絡(luò)的樞紐性地位，該microRNA調(diào)控能力最強，對網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)和樣本性狀有重要的調(diào)控價值，同時從網(wǎng)絡(luò)中也可以得到被microRNA調(diào)控的關(guān)鍵靶基因。

5. miRNA－GO　Network
miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建microRNA功能調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調(diào)控的多種基因功能，并通過網(wǎng)絡(luò)分析，得到核心調(diào)控microRNA以及microRNA調(diào)控的核心基因功能。

6. miRNA－Pathway Network
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關(guān)系，與microRNA-mRNA靶向調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建miR- Pathway調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調(diào)控的多種信號通路，并通過網(wǎng)絡(luò)分析，得到核心調(diào)控microRNA以及microRNA調(diào)控的核心信號通路。

7. miRNA的轉(zhuǎn)錄因子的預(yù)測
為了研究miRNA的調(diào)控機制，首先預(yù)測miRNA的promoter區(qū)域，根據(jù)miRNA的promoter區(qū)域，利用HMM來預(yù)測結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。
8. miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析
miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析除了和甲基化與表達譜芯片分析類似外，還可以將miRNA預(yù)測的靶基因和表達譜芯片的差異基因取交集，進行miRNA-DiffGene-Network。  

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團隊等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務(wù)平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術(shù)平臺和多樣化的服務(wù)等競爭優(yōu)勢，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學(xué)研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學(xué)、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術(shù)服務(wù)。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個大區(qū)十五個辦事處，推廣公司的主導(dǎo)技術(shù)服務(wù)、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數(shù)超過10000個，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學(xué)服務(wù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)?；馁|(zhì)量控制體系，通過了ISO9001: 2008質(zhì)量技術(shù)體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進行嚴格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數(shù)據(jù)真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺和高質(zhì)量的服務(wù)體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務(wù)中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應(yīng)商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務(wù)提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認證的服務(wù)提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應(yīng)商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務(wù)商”稱號。

  
  

單位資質(zhì)

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