Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片

最高分辨率的基因芯片，支持所有轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的全轉(zhuǎn)錄組分析
研究表明，數(shù)萬個人類基因中包含了幾萬個外顯子，他們產(chǎn)生了幾十萬個不同的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體。當基因的外顯子在加工好的信使RNA中被保留或去除時，這些轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體就產(chǎn)生了。選擇性剪接的五個基本模式為:

• 外顯子跳躍 ( Exon skipping )
• 選擇性3' 端供體位點 ( Alternative3' donor sites )
• 互斥外顯子 ( Mutually exclusive exons)
• 內(nèi)盒子保留( Intronretention )
• 選擇性 5'端供體位點 (Alternative 5' donorsites )

上海伯豪利用Affymetrix 最新開發(fā)的 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 芯片為您提供支持所有轉(zhuǎn)錄本異構(gòu) 體的全轉(zhuǎn)錄組分析。同時，針對超過 40，000個非編碼轉(zhuǎn)錄本的探針設(shè)計，還可幫助您對非編碼 RNA進行分析。

芯片及服務特點

• 包含超過六百萬條不同探針，覆蓋編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄本 。

• 芯片設(shè)計和注釋的數(shù)據(jù)庫來源包括：

• 該芯片為每個外顯子設(shè)計約10條探針，每個外顯子之間的剪接點有4條探針。確保每個實驗室都能獲得完整、準確和可重復的數(shù)據(jù)。

-個典型的基因 (LMNB1 ，如下圖所示)包含了許多轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體，測定每個轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體相對豐度的變化為疾病和生物學研究提供 了新的啟示. HTA提供了外顯子和亞外顯子水平的表這變化分析，同時能檢測可變剪切所產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體.每個獨特外顯子區(qū)域 都設(shè)計了10條探針以檢測一個篡因所有轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體.此外，HTA為每個己知的可變剪切位點設(shè)計了 4條特異的探針(未在圖中顯示) ，每個基因平均有140條探針.通常 RNA-Seq實驗只和RefSeq數(shù)據(jù)庫進行比對分析，在這個例子中， LMNB1基因只有3個轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體可以通過 RNA-Seq檢測到（第2、3和13條轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體)。HTA整合了多個數(shù)據(jù)庫的內(nèi)窯，實現(xiàn)了了所有的15個轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的 全面分析。

• 與RNA-Seq比較數(shù)據(jù)：

對于RNA-Seq，測序的深度以及表達水平都影響精確性；GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0（HTA）無論轉(zhuǎn)錄本豐度高低均能提供精確的基因表達數(shù)據(jù)。

通過-個線性樣本混合物模型( Linear Tissue MixtureModel)評估了所育外顯子的表達水 平檢測的準確性 ，該 模型根據(jù)預先設(shè)定的比例混合兩個 RNA標準品. y軸是 檢測錯誤或(D-Cν(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation， 平均絕對偏差)的絕對值，其中標準品 A= Universal Human Reference RNA(UHRR) ，AgilentTl hnologies，nI c.; 標準品B= Human Brain Reference RNA (HBRR) ，Life Technologies，n!c.; C=75%A+25% B; D=25%A+75%B。 HTA芯片提供的全轉(zhuǎn)錄組基因表達測定的準確性相當于 HiSeqT 2000系統(tǒng)上2個Lane測序數(shù)據(jù)所帶來的準確性.

 RNA- Seq 的準確性取決于測序深度。 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0( HTA)提供了準確的結(jié)果 ，真準確性相當于2個Lane的RNA-Seq數(shù)據(jù)。

通過一個線性樣本混合物模型(Li near Tissue Mixture Model)評估了所有外顯子的表達水平檢測的準確性 ，該模型根據(jù)預先設(shè)定的比 例混合兩個RNA標準品。 y軸:是檢測錯誤或(D-C)j(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation，平均絕對偏差)的絕對值，其中標準品 A=Universal Human Reference RNA(UHRR) ，Agilent Technologies，Inc. ;標準品B=Human Brain Reference RNA(HBRR) ， Life Technologies ，lnc. ; C=75%A+25%B ; D=25%A +75%B. HTA芯片提供的全轉(zhuǎn)錄組基因表達測定的準確性相當于 HiSeq 2000 系統(tǒng)上2個Lane測序數(shù)據(jù)所帶來的準確性.

• 重復性高（批內(nèi)相關(guān)系數(shù)≥0.99），所有檢測過的組織觀察到的變異系數(shù)（CV）＜6.5%
• 樣品類型既包括新鮮凍存樣品，也包括FFPE樣本。
• 完整的數(shù)據(jù)分析解決方案

利用Affymetrix Transcriptom Analysis Console ( TAC )軟件迦行數(shù)據(jù)分析.
可提供更加簡便而全面的數(shù)據(jù)分析:用于選行基因水 平、外顯子水平、 可變剪接分析 ;操作簡便，只需四步即可進行完整的生物信息 分析;能夠更加直觀的展示芯片中發(fā)現(xiàn)的重要差異基因;并能夠發(fā)現(xiàn)、區(qū)分并展示不同 transcript isoforms ;同時，將結(jié)果與公用數(shù) 據(jù)庫鏈接比對。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺、商業(yè)化服務體系、高素質(zhì)服務團隊等資源成立的致力于研發(fā)外包服務的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術(shù)平臺和多樣化的服務等競爭優(yōu)勢，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術(shù)服務。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個大區(qū)十五個辦事處，推廣公司的主導技術(shù)服務、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數(shù)超過10000個，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)模化的質(zhì)量控制體系，通過了ISO9001: 2008質(zhì)量技術(shù)體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進行嚴格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數(shù)據(jù)真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺和高質(zhì)量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務商”稱號。

  
  

單位資質(zhì)

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